教育部一共進行過3輪學科評估，本文排名為第三輪評估的結果。在工商管理學科方面，西安交通大學與中國人民大學得分相同，應為并列第一。其他部分學科也存在某些高校得分相同，全國排名并列第一的情況。
在有關部門的支持下，教育部學位與研究生教育發展中心（簡稱：學位中心）按照教育部和國務院學位委員會頒布的《學位授予和人才培養學科目錄》，對具有研究生培養和學位授予資格的一級學科進行整體水平評估（簡稱：學科評估），并根據評估結果進行聚類排位。此項工作于2002年首次在全國開展，至今已完成三輪評估。
第一輪評估于2002-2004年分3次進行（每次評估部分學科），共有229個單位的1366個學科申請參評。第二輪評估于2006-2008年分2次進行，共有331個單位的2369個學科申請參評。第三輪評估在95個一級學科中進行（不含軍事學門類），共有391個單位的4235個學科申請參評，比第二輪增長79%。
第三輪學科評估歷時一年，按照自愿申請參評的原則，采用客觀評價與主觀評價相結合的方式，所需數據由相關政府部門、社會組織公布的公共數據和參評單位報送的材料構成。通過對相關數據的公示、核查，同時還邀請了學科專家、政府部門及企業界人士進行主觀評價，在此基礎上形成最終評價結果。
本文為第三輪評估結果：
北京大學
全國排名第1的學科（16個）：
哲學
政治學
中國語言文學
外國語言文學
考古學
中國史
世界史
數學
物理學
化學
地球物理學
力學
基礎醫學
藥學護理學
藝術學理論
清華大學
全國排名第1的學科（13個）：
力學
材料科學與工程
動力工程及工程熱物理
電氣工程
控制科學與工程
計算機科學與技術
建筑學
核科學與技術
環境科學與工程
城鄉規劃學
軟件工程
管理科學與工程
設計學
清華大學-北京協和醫學院（清華大學醫學部）
全國排名第1的學科（1個）：
生物學
說明：結果顯示“生物學”排名第一的學校名稱為“清華大學-北京協和醫學院（清華大學醫學部）”，與“清華大學”的學校代碼均為“10003”。
中國人民大學
全國排名第1的學科（9個）：
理論經濟學
應用經濟學
法學
政治學
社會學
新聞傳播學
統計學
工商管理
公共管理
中國農業大學
全國排名第1的學科（6個）：
農業工程
作物學
農業資源與環境
植物保護
畜牧學
獸醫學
北京師范大學
全國排名第1的學科（5個）：
教育學
心理學
中國史
地理學
生態學
武漢大學
全國排名第1的學科（4個）：
馬克思主義理論
地球物理學
測繪科學與技術
圖書情報與檔案管理
上海交通大學
全國排名第1的學科（3個）：
機械工程
船舶與海洋工程
臨床醫學
南京大學
全國排名第1的學科（3個）：
物理學
天文學
地質學
華中科技大學
全國排名第1的學科（3個）：
機械工程
光學工程
公共衛生與預防醫學
東南大學
全國排名第1的學科（3個）：
交通運輸工程
藝術學理論
生物醫學工程
中國礦業大學
全國排名第1的學科（2個）：
礦業工程
安全科學與工程
中國科學技術大學
全國排名第1的學科（2個）：
物理學
地球物理學
中國海洋大學
全國排名第1的學科（2個）：
海洋科學
水產
中國地質大學
全國排名第1的學科（2個）：
地質學
地質資源與地質工程
中國傳媒大學
全國排名第1的學科（2個）：
新聞傳播學
戲劇與影視學
浙江大學
全國排名第1的學科（2個）：
光學工程
農林經濟管理
北京中醫藥大學
全國排名第1的學科（2個）：
中醫學
中西醫結合
北京林業大學
全國排名第1的學科（2個）：
風景園林學
林學
北京航空航天大學
全國排名第1的學科（2個）：
航空宇航科學與技術
儀器科學與技術
西安交通大學
全國排名第1的學科（1個）：
工商管理
西南交通大學
全國排名第1的學科（1個）：
交通運輸工程
國防科學技術大學
全國排名第1的學科（1個）：
軟件工程
中央音樂學院
全國排名第1的學科（1個）：
音樂與舞蹈學
中央民族大學
全國排名第1的學科（1個）：
民族學
中央美術學院
全國排名第1的學科（1個）：
美術學
中山大學
全國排名第1的學科（1個）：
生態學
中南大學
全國排名第1的學科（1個）：
冶金工程
中國石油大學
全國排名第1的學科（1個）：
石油與天然氣工程
同濟大學
全國排名第1的學科（1個）：
土木工程
天津大學
全國排名第1的學科（1個）：
化學工程與技術
四川大學
全國排名第1的學科（1個）：
口腔醫學
上海中醫藥大學
全國排名第1的學科（1個）：
中藥學
南京信息工程大學
全國排名第1的學科（1個）：
大氣科學
南京農業大學
全國排名第1的學科（1個）：
農業資源與環境
南京理工大學
全國排名第1的學科（1個）：
兵器科學與技術
蘭州大學
全國排名第1的學科（1個）：
草學
江南大學
全國排名第1的學科（1個）：
食品科學與工程
華中農業大學
全國排名第1的學科（1個）：
園藝學
華南理工大學
全國排名第1的學科（1個）：
輕工技術與工程
河海大學
全國排名第1的學科（1個）：
水利工程
哈爾濱工業大學
全國排名第1的學科（1個）：
力學
復旦大學
全國排名第1的學科（1個）：
政治學
東華大學
全國排名第1的學科（1個）：
紡織科學與工程
東北林業大學
全國排名第1的學科（1個）：
林業工程
電子科技大學
全國排名第1的學科（1個）：
電子科學與技術
北京郵電大學
全國排名第1的學科（1個）：
信息與通信工程
北京體育大學
全國排名第1的學科（1個）：
體育學
北京理工大學
全國排名第1的學科（1個）：
兵器科學與技術
北京科技大學
全國排名第1的學科（1個）：
科學技術史
北京交通大學
全國排名第1的學科（1個）：
系統科學
